A FUPEC tem como objetivo precípuo e insubstituível prestar assistência em Cirurgia Geral, especialmente aos carentes e em conseqüência transbordar-se em formação de recursos humanos representados, principalmente, pelo Cirurgião Geral. Este, tão necessário à comunidade, não está tendo prestígio e rentabilidade suficientes para sobreviver, pois fazer especialidade é mais suave, mais rendoso e satisfaz mais o ego do profissional. 

Os outros objetivos se estendem: à pesquisa em assuntos polêmicos e difíceis dentro da Cirurgia Geral e ao aprimoramento do Cirurgião Geral através de reuniões científicas, estas já em desenvolvimento, como a JAC (Jornada Acadêmica de Cirurgia) e como o “Cirurgia-ano” (Congresso Anual de Cirurgia Geral e Experimental). 

Numa terceira etapa a FUPEC deverá estender-se na formação de recursos humanos preparando assistentes sociais, elemento fundamental na seleção dos que necessitam de assistência, sem discriminação pelo fator econômico. 

Como quarta etapa, criar condições para facilitar a comunicação das atividades desempenhadas na experiência clínica e na experimentação na área de Cirurgia Geral. 

Se pretendemos formar-nos em Cirurgia, o início deve ser junto ao aluno. Entre outros recursos, a extensão é um ótimo instrumento formador. Por isto, criamos a Jornada Acadêmica de Cirurgia em que o estudante de medicina é treinado para organizá-la e ministrá-la completamente. Tudo é feito com supervisão e orientação no momento necessário e exato. 

Como tem sido um sucesso, devemos persistir e difundir a idéia e a experiência didático-pedagógica.